Yakın gelecekte, ani ve açıklanamayan bir deniz yükselmesi insan uygarlığının çoğunu su altında bırakmıştır. Birkaç yıl önce annesini ve bir bacağını bir kazada kaybeden Ikaruga Natsuki, büyük şehirdeki zorlu hayatından hayal kırıklığına uğramış bir şekilde geri döndüğünde, eski kırsal evinin deniz tarafından yarıya kadar yutulduğunu görür. Ailesiz kalan gencin sahip olduğu tek şey, okyanus bilimci büyükannesinden kendisine kalan gemi ve denizaltı ile borçlarıdır. Kaybettiği gelecek hayallerini geri kazanmak için tek umudu, şüpheli borç tahsildarı Catherine tarafından kendisine sunulan fırsatı değerlendirmektir. Söylentilere göre büyükannesinin orada bıraktığı hazineyi bulmak için büyükannesinin laboratuvarının batık kalıntılarını aramak üzere yelken açarlar. Ancak buldukları şey zenginlik ya da mücevher değildir; denizin dibinde bir tabutun içinde uyuyan tuhaf bir kız, Atri’dir. Atri bir robottur, ancak görünüşü ve duygu zenginliği herkesi onun yaşayan, nefes alan bir insan olduğuna inandırabilir.