Uzak gelecek, 5012. <Uzaylılar > ve onların yarattıkları <Makine Yaşam Formları> tarafından Dünya’nın aniden havadan istila edilmesi, insanlığı yok olmanın eşiğine getirmiştir. Ay’a sığınan insanlardan hayatta kalanlar, Dünya’yı yeniden ele geçirmek için <android> askerleri kullanarak bir karşı saldırı düzenler. Ancak, <Makine Yaşam Formları> sonsuz bir şekilde çoğalmaya devam ettikçe savaş bir çıkmaza girer. Buna karşılık insanlık, nihai bir silah olarak yeni bir android asker birimi konuşlandırır: <YoRHa> Dünya’ya yeni gönderilen <2B>, şu anda orada bulunan analist <9S>’a katılır ve görevleri sırasında sayısız gizemli olayla karşılaşırlar… Bu, bu cansız <androidlerin> ve insanlık uğruna verdikleri sonsuz mücadelenin hikayesidir.